ペアリング前からの操作になります。
ペアリング直後にペアリングしたコントローラーで設定を行って下さい。
「周辺機器設定」の「コントローラ割り当て」にて
1番に変更し決定ボタンを押してからゲームを開始。
最初から設定を行った場合で元々PS3のコントローラーが1個だけ接続されている状態だとPS4コントローラーが2番になっています。
PS4のコントローラーを1番にするとPS3のコントローラーが自動で2番に割り当てられます。
これを変更せずにゲームを開始するとシステムメニューは
動作しますが、ゲームの操作が出来ない状況が再現出来ました。